Ce que 115 millions d'années d'hème fossilisé m'ont appris sur la visualisation moléculaire en VR (et pourquoi j'ai construit NexoPeek pour Meta Quest)
L'été dernier, je tenais un bloc de grès dans une main et mon téléphone dans l'autre, sur une falaise du Dorset. Un ami paléontologue venait d'y repérer ce qu'il pensait être un nodule ferrugineux — la gangue minérale qui piège parfois la matière organique pendant des millions d'années. En le fendant, une teinte rouge sombre est apparue : de l'hème, le groupement fer d'une protéine, préservé là depuis environ 115 millions d'années.
J'ai passé trois heures à essayer de comprendre ce que je regardais. Pas à chercher sur Google — à comprendre, spatialement, comment un noyau porphyrinique et un atome de fer peuvent survivre à un enfouissement géologique. Sur un écran plat, je tournais une molécule avec ma souris, je perdais la profondeur, je recommençais. La troisième fois que j'ai cliqué sur « reset view », j'ai compris que mon problème n'était pas la donnée. C'était la caméra.
Deux mois plus tard, j'ai commencé à prototyper NexoPeek, une application de visualisation moléculaire en réalité virtuelle pour Meta Quest. L'idée était simple : arrêter de simuler la 3D sur une surface 2D.
Sur le plan technique, la question centrale était : où placer la charge ? Le rendu VR impose 72–90 images par seconde par œil sur Quest, ce qui laisse très peu de marge. J'ai testé deux approches. La première consistait à faire le rendu complet des structures dans le casque — coûteux, instable dès qu'une molécule dépasse quelques milliers d'atomes. La seconde, celle que j'ai retenue, délègue le parsing et la préparation des données à un backend, puis streame une géométrie allégée vers le casque. Le Quest ne fait que le rendu de ce qu'il doit afficher.
Le vrai changement, pourtant, n'était pas dans le pipeline. C'était dans la main. Saisir une molécule, la faire tourner, la traverser — le geste remplace l'abstraction. L'hème n'est plus un diagramme plat avec des flèches ; c'est un objet qu'on contourne, dont on voit le fer au centre comme un point d'ancrage.
Je ne prétends pas que la VR remplace la cristallographie ou la modélisation quantique. Mais pour transmettre une intuition structurelle — à un étudiant, à un collègue, à soi-même à 23 heures — la dimension manquante compte. Ce fossile m'a appris qu'une molécule n'est pas une image. C'est un lieu. Et certains lieux méritent d'être visités autrement qu'à plat.
